繼前作設定，《虐殺原形2》依然設定在紐約市，由于之前爆發的災難，這次的紐約市被稱為零度紐約，根據感染程度不同被劃分成三個區域。曼哈頓是紅色區域，已經被生化怪物占據。曼哈頓附近的島嶼為黃色區域。綠色區域是最安全的，這里的Blackwatch私人武裝帶來的是一種別樣的恐怖氣氛。

《虐殺原形2》主角已不再是1代的Alex，而是新角色James Hellen，James Heller是一名普通的特種士兵，他原本擁有一個幸福的家庭，然而這一切都在紐約市的病毒傳播事件中被毀滅殆盡。幾乎失去了一切的James。在一次小隊行動中遇到了前代主角Alex mercer，小隊的成員幾乎全滅，Alex在唯一幸存的James身上注入了自己不一樣的病毒——紅光病毒，使得James具有了與Alex不相上下的超能力。他要搞清楚敵人背后的計劃，而且要殺死他的創造者(Alex)。