《勇者斗惡龍3》是系列最具里程碑意義的作品，奠定了JRPG黃金法則。游戲采用開創性的"轉職系統"，玩家可自由培養戰士、僧侶、魔法師等6種基礎職業，并能在20級后轉職為賢者、武術家等高級職業。劇情跨越兩個平行世界，從阿爾卡帕鎮出發最終挑戰魔王佐瑪，途中需集齊六枚徽章喚醒傳說中的勇者。地圖規模空前龐大，引入晝夜交替系統，城鎮NPC行為會隨時間變化。戰斗系統新增"戰術指令"功能，可預設AI策略，配合咒文組合技形成深度策略。畫面表現達到FC機能巔峰，怪物動畫幀數翻倍，世界地圖采用立體投影技術呈現震撼的球形大地。